阿图什市地处中纬度欧亚大陆中心，属暖温带大陆气候。平原地区日照充足，四季分明，干旱少雨，温差较大。春季升温快，天气多变，多风，多浮尘；夏季炎热；秋季凉爽，降温迅速；冬季寒冷，多晴日。山区气候寒冷，热量不足，降水不均，积雪不稳，四季不明，冬季漫长，一年内仅有冷暖之分。

阿图什市是有名的瓜果之乡。地方优质品种主要有无花果、葡萄、石榴、桃、梨、沙枣等，瓜类主要有甜瓜、西瓜等。无花果是阿图什市的特产，已誉满天山南北，阿图什被称作“无花果之乡”。无花果为稀有果品，甜美可口、营养丰富。阿图什葡萄品种较多，以“木纳格”葡萄最为有名，其最大特点是易于长期存放，不需任何保鲜措施即可保鲜到来年3～4月份。