阿图什地处塔里木盆地西缘，西南天山的西南坡，境内高山连绵，沟谷遍布，地势由南向北逐渐升高。属典型的温带大陆性气候，四季分明，光热充足，干旱少雨，春季升温快，天气多变，多浮尘，风微雪少。最热月平均气温27.4℃，最冷月平均气温-9℃，年日照时数2500-3000小时，无霜期长，平原区243天，山区170天，年降水量最少的平原区平均78毫米，最大的中山区年降水量250毫米以上，境内多西北风。