阿图什市境内植被稀少，覆盖率低，植被以农作物及牧草，人工林为主，自然森林较少，天然森林和草场多分布在北部中高山区。阿图什市野生动物分布区广，种类繁多，至2022年已发现的共有60余种，列入国家重点保护范围的有棕熊、仙鹤、狯俐、雪豹、长尾雉、天鹅、盘羊、狼摧等十多种；药用植物有党参、车前、青兰、独活、阿魏、紫草、麻黄、野红花、黄连等。